Salesforceで検証用途等で任意のコードを実行させたい場合は、ExecuteAnonymousのAPIを使うことになりますが、SOAP APIだとHTTPリクエストのボディを以下のようにして呼び出すことが出来ます。

これだと、EclipseのExecute Anonymousのように実行結果としてのデバッグログが出せず、コンパイル結果、実行結果、エラーメッセージしか出力されません。
デバッグログを出力するには、SOAPヘッダにDebuggingHeaderを付与する必要があります。

レスポンスはこんな感じになります。

categoryやlevelでデバッグログの種類と内容を確定します。リファレンスは以下になります。
DebuggingHeader | Force.com Apex Code Developer’s Guide | Salesforce Developers

上記SOAPメッセージはSalesforceの「開発>API」のApex WSDLで取得できるexecuteAnonymousなのですが、Toolingに定義されているexecuteAnonymousではデバッグログは取得できませんでした。

ちなみに、C#だと以下のようなコードになります。

Apex WSDL内にはloginコールが含まれていないので、Partner WSDL等でloginコールをしてsessionIdを取得して、Apex WSDLのスタブのsessionIdとしてセットする感じになります。