あるときからruby系のコマンドを叩く度に以下のようなメッセージが表示されるようになった
Ignoring nokogiri-1.6.8 because its extensions are not built. Try: gem pristine nokogiri --version 1.6.8
Ignoring nokogiri-1.6.8.1 because its extensions are not built. Try: gem pristine nokogiri --version1.6.8.1
Ignoring bcrypt-3.1.11 because its extensions are not built. Try: gem pristine bcrypt --version 3.1.11
...
以下のコマンドを叩けば解消されます。
gem pristine --all